医院南部院区地处上海市中心城区黄浦区（制造局路639号），北部院区地处上海北翼宝淞地区（漠河路280号）。上海九院，医院承担本市区域基本医疗服务，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，也是上海市120的定点医院，上海市口腔干部保健医疗定点医院。九院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院。同时，在本市浦东新区由由地区设有九院浦东科教园区（锦尊路115号）、九院浦东分院（严镇路166号）、高科口腔医疗美容门诊部（严桥路350号），徐汇区设有虹梅口腔医疗美容门诊部（虹梅路3310号）、静安区设有大沽口腔医疗美容门诊部（大沽路388号）。
上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。上海第九人民医院，1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院（以下简称“九院”），2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，九院改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院（以下简称“九院”）。2014年11月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附属第九人民医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院（前身宝钢医院，属三级综合性医院）资源整合，南北院区，统一布局，统一管理。2015年10月，上海市机构编制委员会批复市教委同意上海交通大学医学院附属第三人民医院整建制并入上海交通大学医学院附属第九人民医院。
