中登公司总部内设16个部门（含1个工作组），公司下设上海、深圳、北京三家分公司及中国证券登记结算（香港）有限公司、中证证券期货业信息基地建设公司两家全资子公司，中国证监会是公司主管单位。
中国证券登记结算有限公司的职能包括：证券账户、结算账户的设立和管理；证券的存管和过户；证券持有人名册登记及权益登记；证券和资金的清算交收及相关管理；受发行人的委托派发证券权益；依法提供与证券登记结算业务有关的查询、信息、咨询和培训服务；中国证监会批准的其他业务。
作为中国资本市场最重要的金融基础设施，中国证券登记结算有限责任公秉承安全、高效的基本原则，根据多层次市场加快发展的需要，健全完善集中统一的登记结算体系。
