企业建立有独立的研发体系，总经理统一管理新药研究开发和产品技术改进工作。蔓迪米诺地尔酊，研究开发部门总工作面积达到2817m2，仪器设备总值540.88万元。企业重视研究开发工作的组织管理。设有省级技术中心和生产研究实验室。蔓迪官网，企业技术开发工作采用项目制，项目独立立项、开发、评价和考核。通过完善的人力资源体系有效激励了研发人员。与药科大、医工院等知名科研机构建立有长期的战略合作关系，产学研结合较好。通过多年努力，公司在高新技术药品领域(生物与新医药技术)稳健发展。2011年已经形成年销售总额20886万元，其中高新技术产品16200万元，占销售总额比例77.5 %。公司重视自主知识产权的开发，通过自主研发的方式拥有发明专利4项，近三年科技成果转化共有13项。公司大专以上学历科技人员数占企业职工总数的46.1%，其中研发人员占19.9%。 企业重视研究开发投入，近三年研究开发费总投入 2733.64万元，占销售收入比例6.08%。自2005年开始，万马药业先后被认定为杭州市高新技术企业、杭州市环境保护模范企业、浙江省省级高新技术企业等。
万马药业拥有一支高素质的营销队伍，公司以现代市场营销观念为导向，重视产品的学术推广，以市场销售为龙头，组建了现代医药市场营销体系，建立了一支强有力的专业学术推广队伍。目前已在杭州、上海、南京、北京、广州、福州、武汉、西安、成都、青岛、郑州、宁波、沈阳等大城市建立了办事处，销售网络遍及全国28个城市。
公司主要产品有卡介菌多糖核酸制剂、喷雾剂蔓迪、盐酸罗格列酮、注射用亚叶酸钙、芪明颗粒、欧力（亚叶酸钙片）、瑞斯意（阿那曲唑片）、万唯（盐酸阿扎司琼注射液）、科玛诺（马来酸伊索拉啶片）、聚肌胞注射液、注射用甲氨蝶呤、阿苯达唑系列片、尼群地平片、硝苯地平片、注射用小牛胸腺肽等二十多个品种（规格）。随着抗肿瘤新药和皮肤病新药推出，公司在抗肿瘤药和皮肤病药上将形成有特色的产品线。浙江万马药业有限公司是万马集团的下属子公司。其中卡介菌多糖核酸和蔓迪拥有良好的市场销路并占有不小的市场份额，增长潜力较大。
