其中包括国家工程技术研究中心、国家育种中心和国家级加工专业分中心各1个，国际联合实验室2个，中国热带农业科学院拥有国家重要热带作物工程技术研究中心、省部共建国家重点实验室培育基地、农业部综合性重点实验室等90多个省部级以上科技平台，省部共建国家重点实验室培育基地1个，部级重点实验室5个，海南省重点实验室10个，部级检测中心7个，部级以上种质资源圃7个，部级野外台站1个，省级工程技术研究中心7个，另有 20多个院级科技平台。中国热带农业科学院试验场网站，热科院现有2个博士后科研工作站，其中热科院博士后工作站具有独立招收资格 。
热科院与原华南热带农业大学分离，原华南热带农业大学与原海南大学合并为新海南大学，热科院与新海南大学在研究生培养、科学研究等方面继续保持合作。在30年的研究生培养历程中，热科院与原华南热带农业大学、海南大学联合培养了2300多名硕士、博士毕业生和15名博士后。 热科院与1958年创建的”华南热带作物学院“(后改名“华南热带农业大学”)并称“热作两院”，简称“两院”。中国热带农业科学院试验场，“热作两院”从1983年开始从事研究生教育工作，2007年，
已取得重大突破。应用研究方面，紧密结合热区农业发展需要，不断创新，研究、推广了一大批橡胶、木薯、水果、香饮料作物等新品种、新技术，为满足国家战略需要、确保热带农产品有效供给、带动农民增收提供了强有力的支撑。在木薯、橡胶、香蕉等热带作物的基础性研究方面，木薯全基因组测序、香蕉枯萎病基因密码破译、橡胶树产胶机理研究等，中国热带农业科学院的热带农业科学研究在国内外享有较高的知名度。部分成果处于国际领先水平。
